的连败严重打击了球队士气的同时，伤病问题开始困扰球队：格兰特希尔继续缺阵整个赛季，帕特加里蒂在仅有的一次出场比赛后也步了希尔的后尘。在赛季结束时，球队的战绩仅为21胜61负。但是麦克格雷迪连续第二年成为联盟得分王（280）[3]，并且拿到职业生涯的第10000分。这也使他成为拿到10000分的年龄第二小的球员。200-05赛季，魔术队对队服做了更换，还在赛季开始时签下队史的第三个状元签，来自佐治亚州亚特兰大的奈史密斯奖得主德怀特霍华德。200年1月29日，球队阵容进行了更大的调整，球队送走了全明星球员、联盟得分王特雷西麦克格雷迪及其他球员，从休斯顿换来了史蒂夫弗朗西斯、卡蒂诺莫布里和凯尔文卡托。球队在前20场比赛取得13胜7负的良好开局，随后继续在弗朗西斯和篮板机器霍华德的带领下在全明星周末前拿到了28胜2负的成绩。

    2006-07赛季，霍华德的强力崛起，成为联盟中最有杀伤力的大前锋。2007-08赛季，魔术队得到自由球员拉沙德刘易斯，并凭借德怀特霍华德的爆发和希达耶特特科格鲁的飞速进步，重回东部强队行列。最后魔术队以东部第三位重回季后赛。在季后赛首轮-1淘汰多伦多猛龙队，打破10多年不破第一轮的尴尬纪录。但魔术队在分区半决赛中遭遇强敌底特律活塞队，最终以1-被淘汰出局。2008-09赛季，在火箭、魔术、灰熊的三方交易中，拉夫阿尔斯通被交易到奥兰多魔术队，成为魔术队强力的控球后卫。在这个赛季的季后赛中，魔术队一路战胜费城76人队，波士顿凯尔特人队和克里夫兰骑士队，时隔13个赛季再次杀入总决赛，但在总决赛中以1-不敌洛杉矶湖人队，遗憾与总冠军檫身而过。2009年夏天，在选秀大会开始前几个小时篮网和魔术达成了一致，篮网将文斯卡特和莱恩安德森送去魔术队，换得拉夫阿尔斯通，托尼巴蒂以及康特尼李。2009-10赛季，魔术队在常规赛取得全联盟第二的战绩杀入季后赛。在季后赛中，魔术队横扫夏洛特山猫队和亚特兰大老鹰队，但在东部决赛中，他们开局以0-3落后于波士顿凯尔特人队，虽然扳回了两局，但最终以2比负于凯尔特人队遗憾出局。2010年12月19日，奥兰多魔术队与华盛顿奇才队以及菲尼克斯太阳队达成了两笔重磅交易，魔术队用拉沙德刘易斯从奇才队换来吉尔伯特阿里纳斯，再用文斯卡特，马辛戈塔特，迈克尔皮特鲁斯，2011年首轮选秀权以及若干现金与太阳交易，换回希度特克格鲁，以及贾森理查德森和厄尔克拉克。魔术队在德怀特霍华德赛季报销情况下打进季后赛，在首轮遭遇对手印第安那步行者队，虽然魔术队先赢得首场比赛，但是最后还是不敌步行者队以1-连两年遭到淘汰。2012年8月11日，奥兰多魔术队通过和掘金队，76人队以及湖人队的四方交易中送出球队的大当家德怀特霍华德，霍华德正式宣布成为洛杉矶湖人队一员。在2013年2月21日，魔术队将jj雷迪克，伊斯梅尔史密斯和古斯塔沃阿永交易到密尔沃基雄鹿队，作为回报，魔术队收到本诺尤德里，托比亚斯哈里斯。2012-13赛季，魔术队的战绩仅为20-62，是nba的最差战绩，自2006年以来第一次无缘季后赛。2013-201赛季，魔术队在201年nba选秀选择阿隆戈登、达里奥萨里奇。然后换来2017年第一轮选
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