醍醐天皇亲政。

    后醍醐天皇对镰仓幕府深有芥蒂，积极筹备倒幕计划。虽然镰仓幕府两次成功抗击元朝的入侵，但财物匮乏，无法恩赏抗元官兵。导致了武士对幕府的不满日益增高。正中元年，镰仓幕府发现了后醍醐天皇的倒幕企图，发动了正中之变，责令六波罗探题将天皇身边的日野资朝等人处分。镰仓幕府不知该如何处置天皇。但天皇此后更加深了倒幕的意志，同醍醐寺的文观、法胜寺的圆观等僧人亲近。元德二年假借为中宫安产祈祷为由，暗地里为征讨关东祈愿，并拉拢兴福寺、延历寺等寺社势力的关系。但大觉寺统的贵族大多支持邦良亲王。而持明院统的贵族则支持镰仓幕府，后醍醐天皇陷入了孤立状态。而且邦良亲王病死后，镰仓幕府指定持明院统的量仁亲王为皇太子。后醍醐天皇的皇位岌岌可危。元弘元年，后醍醐天皇再次计划倒幕，但被身边的吉田定房告发；后醍醐天皇携带三神器逃出京都，以比睿山为据点，举兵讨幕。但最后被包围在了笠置山。幕府以绝对的兵力优势攻陷了该城并逮捕了天皇。这就是元弘之乱。

    镰仓幕府将策划倒幕的后醍醐天皇废黜，拥立持明院统的量仁亲王即位，是为光严天皇。而镰仓幕府则商议，以承久之乱中策划倒幕的后鸟羽上皇被流放隐岐岛之事为先例，将后醍醐天皇也流放到了隐岐岛。次年后醍醐到达隐岐岛。但是当时倒幕的势力，如护良亲王、河内国的楠木正成、播磨国的赤松则村等人，活跃于日本各地，纷纷表示效忠于后醍醐。元弘三年后醍醐天皇在名和长年等人的帮助下逃离隐岐岛，逃至伯耆国船上山举兵讨幕。镰仓幕府的执权北条守时派遣我先祖足利尊氏前往征讨，但先祖足利尊氏早就看不惯镰仓幕府的嚣张跋扈，倒向了后醍醐一方，攻陷了幕府的六波罗探题。此后新田义贞在东国举兵，攻陷镰仓，北条氏和镰仓幕府一起灭亡了。

    回到京都的后醍醐天皇举行了建武新政，不承认光严天皇皇位的合法性，尊之为上皇，剥夺了他所有权力。同时废除了幕府和摄关制度，建立了天皇独裁政权，由天皇自行任免官职。同时废去了邦良亲王遗孤康仁亲王的皇位继承权，将自己的儿子恒良亲王立为皇太子。建武新政表面上是复古，事实上建立了天皇政权。而且其激进的改革、恩赏的不公平、朝令夕改的法令和政策以及对贵族、大寺社、武士等较大势力集团权利的侵害，最终导致了新政的失败。公卿们也对新政持冷漠态度。朝廷重公卿轻武士以及政令多变、决策错误百出等等，导致了社会的混乱、公卿与武士之间矛盾的激化。

    先祖足利尊氏看到后醍醐天皇新政很是后悔帮助其登上天皇之位，第二年先祖足利尊氏借镇压中先代之乱的契机前往东国，镇压成功之后在镰仓自行封赏有功的将领，与新政对抗。后醍醐天皇命新田义贞前往征讨，义贞在箱根竹之下之战中败北，先祖尊氏趁机迫近京都。但随后楠木正成、北畠显家在京都击破先祖尊氏，只好逃往九州岛。翌年先祖足利尊氏在九州站稳了脚跟，得到了光严上皇的院宣，再次迫近京都。楠木正成建议同足利尊氏谈判，同时迁都以疲敌军，但被后醍醐天皇拒绝了。新田义贞、楠木正成一起讨伐先祖尊氏，在凑川之战中被我先祖大败，正成战死，义贞逃回京都。

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