神社的政治、经济方面的权益，却严格地受幕府的制约。

    江户时代的神道观，大致有两大类：一是维护幕府统治的主流派神道观；另一类是维护传统，尊重天皇的非主流派神道观。

    前者以幕府的儒官为核心。他们在遵循朱子学说中的客观唯心主义的理性之说，批判佛教出世精神的同时，力主以儒学观点解释传统的神道教义。藤原惺窝说：日本神道“在中国叫儒道，在日本则称神道，名异而心一”。并说“儒道”在于“明德、新民、至善、诚敬、五常、五伦”，“行此道，正我心，怜万民”，天下可久安矣。（《日本文化中的儒教影响》）林罗山说：“夫本朝神国也，神武帝继天建极以来，相继相承皇绪不绝，王道惟弘，此乃我天神所授之道也”，并说神道则王道，王道则儒道，两者并无大差别。更以朱子学的“敬”来解释神与人的关系，说人心是宅，神为主公，主宰一心者乃是敬。敬念在心，神必来宿之，心中无敬念，神必远离而去。（林罗山：《本朝神社考》）有的神道家还鼓吹“神道是一个赤心，只有君臣大义”，通过神道“知君臣之分永久不移”，知“为臣庶者不应窥视君位，为君者代天抚育臣庶”之理（饮光慈云《神佛偶谈》）。

    以儒神一致论为理论，并且被组织化的教派是吉川神道。亦称理学神道。创立人吉川惟足先从伊势外宫度会延佳学度会神道，又从吉田兼从学吉田神道，并吸收朱熹理学而建成此道。其教义强调“君臣之道”“天人和一”，提出人伦之道以“敬”“义”为重，说“以武义为本，施仁政，此既天琼矛之德，以次为道体，作为治世之本”，如此则“四海静谧”，国家平安。认为朱熹理学中的太极即日本的国常立尊。一切神皆为太极的具体表现。把一般神社神道称为行法神道并予以批评，称自己的神道为治天下的神道，推崇儒家伦理，特别强调君臣之道，谓人伦之道以君臣之道为最高，以此忠道贯于夫妇、父子、兄弟、朋友之道，而“君臣之道，万古不易”。主要文献有《神代大意讲谈》、《神道大意注》、《日本神道学则》、《神代卷惟足抄》等。吉川神道在创始之初受到了会津藩、纪伊藩、加贺藩等诸侯及家臣的推崇和信仰，后得到幕府支持，吉川惟足担任了幕府的神道方。

    江户幕府中期以后，随着朱子学以外的诸“异学”的活跃，在神道领域也涌现出了新的神道派别，主要是山岐闇斋创建的垂加神道和平田笃胤、本居宣长创始的复古神道。它们都是维护传统，尊重天皇的非主流派神道观。

    垂加神道。山崎闇斋创立。闇斋名嘉，字敬义，闇斋是号，幼曾出家为僧，后习朱子学，还俗为儒，晚年从度会延佳和吉川惟足学神道，把朱熹理学与神道教结合起来创立垂加神道。垂加两字取自吉川惟足所授垂加灵社之号，原出自度会神道的经典《倭姬命世纪》：“神垂以祈祷为先。冥加以正直为本”。闇斋常以“神垂祈祷，冥加正直”为座右铭。其神道学说主张“道即大日贵之道，教则猿田彦神之教”，猿田彦神即迎天孙下治人间之神；并以朱熹的理气说和五行说解释神世列代的神话，以阴阳五行配天神七代；鼓吹尊皇忠君，大义名分，宣传以日本为世界中心的神国思想。主要文献有《神代卷风叶集》、《中臣袚风水草
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